Neben LKWs sind auch Seecontainer ein beliebtes Transportmittel für Palettenboxen. Wie viele Boxen in einen Container passen, ist vom Innenvolumen abhängig. Obwohl die Länge und Breite genormt sind, kann die Höhe je nach Containertyp variieren. Das wirkt sich auf die Anzahl der Palettenboxen aus, die in einem Seecontainer Platz finden. Standard 20 Fuß und 40 Fuß Seecontainer sind 2,5 m breit und haben ein Innenmaß von 2,35 m. Palettenboxen können auf verschiedene Arten in Seecontainern gelagert werden, es bleibt jedoch immer Platz übrig.